Bis zu Beginn des Dritten Reiches lag die Verwaltung der Gemeinde in den Händen des Amtsvorstehers und des Gemeindevorstehers, weiter gab es den Ortsrichter mit seinen Schöffen und den Schul- und Kirchen-Vorstand, wobei letzteres noch unterteilt war in den Kirchenrat und die Kirchenältesten. Die Mitarbeit in den Ämtern erfolgte nebenberuflich. 

Ab 1936 wurde ein nebenberuflicher Bürgermeister gewählt, bis 1945 war dies in Großjena Erich Judersleben.

1945 Erfolgte der Zusammenschluss der Dörfer zur Gemeinde Kleinjena.
Das Gemeindebüro befand sich zuerst in der Gaststätte "Zum Grünen Tal", doch 1946 wurde es in die alte Schule von Kleinjena verlegt. 1953 Umzug der Gemeindeverwaltung nach Großjena in das Brückenhaus. 

Die Bürgermeister bis 1990:
Hermann Scheibe,Frau Seibt, Maria Lehmann, Erika Bedürftig, Walter Thate, Kurt Töpel, Rolf Zwirnmann, Alfred Koch 

Ab 1990: 
1990-... Harald Bittdorf bei den ersten freien Wahlen nach der Wiedervereinigung gewählt. 
1994-1998 Eckehard Müller
1998- ... Richard Schmidt

13.3.1994 gab es einen Bürgerentscheid über die Eingemeindung zur Stadt Naumburg und am 1.6. erfolgte diese 
Die Vertretung der ehemaligen Gemeinde Kleinjena übernahm nun ein Ortschaftsrat mit einem Ortsbürgermeister, 
2000/2001 gewann Großjena den 1.Platz im Wettbewerb"Schönstes Dorf" im Burgenlangkreis und nachfolgenden auch im Regierungsbezirk Halle .